Каллум Лінч засуджений до смертної кари. Раптово його рятує дивна компанія, яка говорить, що він – предок члена давнього Ордену Асасинів Агілара, який жив в XV столітті в Іспанії. Для того, щоб з Каллума витягнути спогади іспанця, його поміщають в надновий апарат під назвою "Анімус". Таким чином головний герой стає своїм предком і проживає часи іспанської інквізиції. Після тривалого перебування в "Анімусі" у Лінча з'являється "ефект Просочування" – надає людині вміння його предка. Каллум продовжує справу Агілара і бореться проти ордену Тамплієрів, але вже в наші дні.